НЯП, средства федерального бюджета выделяются на системы обеспечения воздушного движения, в целях финансирования деятельности метеорологических и аварийно-спасательных служб, т.е., грубо говоря, той наземной инфраструктуры, которая в первую очередь обеспечивает безопасность полетов. И которой уже пользуются авиаперевозчики.
ФЦП "Модернизация Единой системы организации воздушного движения Российской Федерации (2009 - 2020 годы)" можно посмотреть тут.